Seminaryjne próby

Janek bardzo pragnął dostać się do seminarium duchownego w Budziejowicach, ale gdy dowiedział się, że na 90 zgłoszonych kandydatów jest tylko 20 miejsc i bez poparcia nie może nawet marzyć o wstąpieniu, wysłał podanie o przyjęcie na medycynę na uniwersytecie praskim. Jednak na prośbę matki zgłosił się do seminarium i bez żadnej protekcji został przyjęty.

Tajemnicą zostanie zupełnie nie wyjaśnioną, jakim cudem znalazł się w dwudziestce szczęśliwych kandydatów. Przypuszczają niektórzy, że biskup przypomniał sobie małego Janka z Prachatycz, który z okazji bierzmowania przywitał go kiedyś wspaniałym wierszykiem. Nazywano Neumanna dalej "małym Jankiem", gdyż miała tylko 160 cm wzrostu i już więcej nie urósł.

W seminarium znowu rozpoczął się problem z profesorami. Neumann nie cierpiał prawnika, józefinisty. Polubił natomiast księdza Karola Kornera, biblistę, który nauczył go języka neo-greckiego i hebrajskiego tak dobrze, że Jan jeszcze jako biskup czytał co noc rozdział Biblii po hebrajsku i dwa rozdziały po grecku.

Ks. Korner świetnie wykładał biblistykę, a zwłaszcza listy św. Pawła. Teologię Pawłową wykorzysta Neumann w późniejszych okólnikach pasterskich. Od profesora moralnej niewiele zaczerpnął, chyba tylko informację o systemie św. Alfonsa Liguori, którego już uprzednio poznał z dział ascetycznych i którego zasad moralnych będzie się trzymał przez całe dalsze życie. Ponieważ w budynkach seminaryjnych brakowało miejsc i starczyło ich tylko dla kleryków z dwóch najstarszych kursów, dlatego Janek studiował jako eksternista. Po pierwszym roku teologii ukończonym z wyróżnieniem otrzymał tonsurę oraz niższe święcenia, dnia 21 lipca 1832 roku.

Na drugim roku przypadkiem zetknął się u kolegi Wojciecha Schmidta z czasopismem "Annales Leopoldinae". Był to organ Fundacji Leopoldyny, arcyksiężnej austriackiej i cesarzowej brazylijskiej, dobrodziejki misji amerykańskich. Własnie drukowano tam pasjonujące listy ks. Fryderyka Baragi, Jugosłowianina, apostoła Indian nad Grand River w Michigan i Wisconsin. Kleryk Jan doznał olśnienia duchowego i postanowił został misjonarzem na zamorskich niwach.

Nie przypuszczał wtedy, że kiedyś i jego listy będą drukowane w "Annales".

Nowe postanowienie pociągnęło za sobą konieczność nauczenia się języka angielskiego. Ponieważ w Budziejowicach nikt nie znał tego języka, Jan przeniósł się do seminarium praskiego, aby tam ukończyć trzeci i czwarty rok teologii. Niestety, okazało się, że w Pradze ani w seminarium, ani na uniwersytecie nie było możliwości uczestniczenia w kursach języka angielskiego. Neumann znalazł przeto kilku robotników angielskich w jednej z fabryk miejskich i od nich nauczył się angielszczyzny ludowej. Podobnie było z językiem hiszpańskim. Wtedy zaczął czytać autobiografię św. Teresy z Avila w oryginale; duchowość św. Teresy znacznie wpłynęła na rozwój jego życia ku świętości.

W seminarium praskim wiele bólu sprawiał mu dwuznaczny stosunek do profesorów zarażonych józefinizmem. Nie mógł im ufać mimo całego pragnienia, by okazać się wobec nich w pełni lojalnym. W swoim "Dzienniczku" stanowiącym raczej rodzaj osobistego rachunku sumienia, skarżył się na rozdarcie wewnętrzne, gdyż chciał być "przejrzysty" dla przełożonych, a tymczasem musiał ukrywać wielką niechęć do nich. Całe szczęście, że zawierzył posłusznie kierownikowi duchowemu w osobie księdza Dichtla, proboszcza z Budziejowic.

Ksiądz Dichtl stał się dla Janka szczególną podporą, gdy pod koniec czwartego roku studiów okazało się, że nie otrzyma święceń kapłańskich. Biskup budziejowicki ogłosił, że będzie święcił tylko kandydatów na kapelanów prywatnych kaplic, przedstawionych przez właścicieli. Neumann nie miał żadnego protektora. Kiedy zgasła nadzieja otrzymania święceń kapłańskich w kraju, tym bardziej pochłaniać go zaczęły marzenia o podróży do najdalszych choćby zakątków świata w poszukiwaniu możliwości zrealizowania planów kapłańsko-misjonarskich. Ksiądz Dichtl szczęśliwym zbiegiem okoliczności, nawiązał łączność listowną z rektorem seminarium w Strasbourgu, księdzem Andrzejem Raess, którego biskup sufragan filadelfijski, Franciszek Kenrick mianował prokuratorem do spraw werbowania kleryków i księży europejskich do pracy wśród osadników w Ameryce. Ten promień nadziei okazał się chwilowo bardzo nikłym promykiem, gdyż Fundacja Leopopldyny zgodziła się przydzielić stypendium dla dwóch zaledwie kleryków zdecydowanych na wyjazd, lecz tylko na podstawie listów polegających od biskupa, czyli tak zwanych "dymisoriów". Biskup oczywiście takich dymisoriów wydać nie chciał. Neumann postanowił wyjechać do Ameryki bez święceń kapłańskich i bez dymisoriów, ale zanim podjął tę decyzję, wychylił kielich goryczy i rozczarowania razem z całą rodziną w domu.